La diosa Bhunivelze encomienda a Lightning una nueva misión: salvar todas las almas mortales que pueda antes del inevitable fin del mundo, dentro de 13 días. El Nido ha cambiado su nombre por el de Bhunivelze y allí dos religiones viven enfrentadas: la Orden, que adoran a la diosa, y los hijos de Etro, que reniegan de la diosa Bhunivelze y que atentan contra los ciudadanos para imponer su visión.
Así arranca la tercera entrega de la trilogía protagonizada por Lightning, después de que conociéramos Final Fantasy XIII y Final Fantasy XIII-2. De nuevo, el desarrollo será el propio de estos juegos de rol de Square-Enix, pero con un añadido: hemos de luchar contra el reloj.